J'avais le même pb que toi sur ma Passat de 2007 (TDI 140 4M). J'étais plusieurs fois au garage et ils n'ont jamais rien trouvé...
C'est apparu vers ^110-120.000kms.  J'ai fais 30.000 kms comme cà jusqu'à ce que je la remplace par ma nouvelle CC.
Les seules choses qui ont été faite sur la voiture juste avant que je n'ai ce pb, ce sont les changements de la pompe à carburant et celui du capteur du FAP. J'étais même retourné au garage 500 kms après avoir changé le capteur du FAP pensant que le pb venait de là.

Je me souviens que c'était parfois angoissant : je me demandais si je pouvais tomber en panne ou pas  car parfois les ratés/secoussent étaient assez conséquentes. C'était très désagréable, et cela allait en s'amplifiant mais cà à tenu le coup jusqu'à je change la voiture.

J'espère que tu auras + de chance que moi pour résoudre ce pb.

Je n'y prête pas attention.... Une fois le moteur chaud (autour des 90°C) R.A.S.

Sur ma passat 140 tdi de 2008 boite méca, je ressens vers 2000/2500 tours des accoups ou "secousses" moteur tres désagréables a vitesse stable et quelque soit le rapport engagé.
Pourtant aucun problème de démarrage, ralentit parfait.

Elle sort de chez VW pour ce soucis mais ils n'ont rien trouvé !!!! zéro défault sur le diag !!!
Mais bon ils l'ont essayé en ville et c'est plutot sur route que cela est le plus flagrant.

Donc je m'adresse à vous tous pour de l'aide .......